กัญชาทางการแพทย์ต้องสะอาดเพื่อปกป้องผู้ป่วยจากการสัมผัสเชื้อก่อโรคสารกำจัดศัตรูพืช และสารเจือปนโดยไม่จำเป็นและเป็นอันตราย วิธีที่ดีที่สุดในการหลีกเลี่ยงคือไม่ให้กัญชาปนเปื้อน คือการยืนยันว่ากัญชาได้รับการทดสอบโดยห้องปฏิบัติการมืออาชีพที่มีความสามารถในการตรวจหาสารปนเปื้อนทางจุดชีววิทยาและทางเคมี
การที่ห้องปฏิบัติการสามารถทดสอบปริมาณสารแคนนาบินอยด์ ไม่ได้หมายความว่าห้องปฏิบัติการนั้นจะมีอุปกรณ์หรือทักษะที่จำเป็นในการตรวจหาสิ่งปนเปื้อนต่างๆ ที่จำเป็น ซึ่งห้องปฏิบัติการหลายแห่งไม่มี ผู้ป่วยต้องตั้งคำถามกับผู้ค้ากัญชาทางการแพทย์เกี่ยวกับระบบการทดสอบผลิตภัณฑ์กัญชาที่ผู้ค้าต้องทำ มาตราการการทดสอบและการควบคุมคุณภาพเป็นสิ่งจำเป็นต่อความปลอดภัยของผู้ป่วย
โรคราแป้ง และราสีเทา
โรคราแป้งและราสีเทาเป็นโรคเชื้อราที่พบบ่อยที่สุดของพืชกัญชา พื้นที่การเพาะปลูกในร่มมักจะเกิดปัญหาโรคราแป้ง เว้นแต่จะมีการปฏิบัติตามมาตราการป้องกันได้อย่างเข้มงวด พืชผลที่ปลูกกลางแจ้งในสภาพอากาศเย็นถึงปานกลางและมีฝนในช่วงฤดูออกดอกก็พบการระบาดของราสีเทาได้บ่อยเช่นกัน
เชื้อราเทาสามารถทำลายพืชผลที่ออกดอกได้ในไม่กี่วัน โดยทั่วไปแล้วจะปรากฏลักษณะเป็นขนปุยสีเทาด้านในของต้นอ่อนกัญชา ซึ่งทำให้ดูเหมือนว่าดอกเน่าจากด้านใน ทั้งโรคราแป้งและราสีเทาไม่ได้บ่งบอกถึงความเสี่ยงต่อสุขภาพของผู้ป่วย แต่เป็นความเสี่ยงต่อสุขภาพของต้นกัญชาเอง
โรคราแป้งเกิดจากเชื้อราสองสายพันธุ์ สายพันธุ์หนึ่งเจริญเติบโตมาจากรูหายใจของต้นพืช และอีกสายพันธุ์หนึ่งเจริญเติบโตอยู่ที่ผิวของต้นพืช โรคราแป้งมักจะแพร่กระจายอยู่ในอาคารสำหรับการเพาะปลูกในร่ม ซึ่งโดยมากต้นพืชจะอยู่กันอย่างหนาแน่นและถูกบีบบังคับ โรคราแป้งปรากฏขึ้นในลักษณะเป็นเส้นสีขาวสว่างบน "ใบน้ำ" ใบเล็กกว่าที่อยู่รอบๆใบประดับ (เป็นคำพูดโดยรวมที่หมายถึงกลีบเลี้ยงของดอก ซึ่งเป็นใบขนาดเล็กที่หุ้มดอกกัญชาไว้) แม้จะไม่มีพิษ ทว่าโรคราแป้งเป็นสัญญาที่บ่งบอกถึงการเพาะปลูกที่ไม่ดีควรปฏิเสธการรับยาที่ติดเชื้อนี้เสมอ แม้ไม่ถือว่าเป็นเชื้อราที่เป็นอันตราย
เชื้อรา และเชื้อแบคทีเรียก่อโรค
เชื้อราและเชื้อแบคทีเรียที่ก่อโรคซึ่งแพร่เชื้อในกัญชาได้นั้นตรวจพบด้วยตาเปล่าได้ยากและอาจพบได้ในร้านขายกัญชาที่ไม่ได้ทดสอบกัญชา ซึ่งต่างจากโรคราแป้งหรือราสีเทา การหาเชื้อรา แอสเปอร์จิลลัส (Aspergillus), ฟูซาเรียม (Fusarium), หรือ เพนิซิลเลียม (Penicillium) จำเป็นต้องใช้การทดสอบทางห้องปฏิบัติการ เชื้อราอันตรายเหล่านี้เกิดจากเทคนิคการบ่มที่ไม่ดี ไม่ได้เกิดจากการเพาะปลูกที่ไม่ดี เชื้อราก่อโรคและเป็นอันตรายเหล่านี้เล่นงานกัญชาสดที่เก็บเกี่ยวใหม่และยังเปียกอยู่ เชื้อราเหล่านี้ได้ชื่อว่าเชื้อราฉวยโอกาสเนื่องจากเป็นเชื้อราที่รุกรานต้นพืชส่วนที่เน่าเปื่อย โดยเฉพาะอย่างยิ่งกัญชาที่เก็บเกี่ยวใหม่ ซึ่งมีความเปียกมากเกินเป็นระยะเวลานานเกินควรในระหว่างกระบวนการบ่ม โดยทั่วไปแล้ว เชื้อราก่อโรคเหล่านี้จะโจมตีกัญชาเมื่อยังคงมีน้ำหนักเหลืออยู่ระหว่าง 15 ถึง 22 เปอร์เซ็นต์ในทางตรงข้าม กัญชาที่บ่มได้อย่างถูกต้องมักจะมีน้ำหนักน้ำอยู่ระหว่าง 8 ถึง 12 เปอร์เซ็นต์ และสายพันธุ์ส่วนใหญ่อยู่ที่ 10 เปอร์เซ็นต์ตามหลักการ กุญแจสำคัญในการหลีกเลี่ยงไม่ให้มีการติดเชื้อราจากการเก็บรักษาเหล่านี้คือ ทำให้กัญชาที่เก็บเกี่ยวมาแห้งเร็วพอ เพื่อที่จะให้กัญชาอยู่ในช่วงความชื้น "เขตอันตราย" หรือเวลาที่ใช้ในการทำให้ต้นพืชมีปริมาณน้ำอยู่ที่ 15 เปอร์เซ็นต์ เป็นเวลาสั้นที่สุดเท่าที่จะทำได้ ภัยที่ใหญ่ที่สุดที่เกิดจากเชื้อราก่อโรคคืออะฟลาทอกซิน ซึ่งเป็นพิษที่ผลิตโดยเชื้อรา Aspergillus บางสายพันธุ์ อะฟลาทอกซินไม่เพียงแต่เป็นพิษต่อผู้ป่วย แต่ยังเป็นสารต่อมะเร็งอย่างมาก ทว่าพบได้น้อยในต้นกัญชาและสามารถป้องกันได้ง่ายโดยการอบแห้งและเก็บรักษากัญชาด้วยความระมัดระวัง
พบเชื้อแบคทีเรียอันตรายอย่าง สแตฟิโลค็อกคัส (staphylococcus) และอี โคไล (E. coli) ได้ในกัญชาเป็นครั้งคราว เชื้อแบคทีเรียเหล่านี้มาอยู่บนต้นพืชผ่านการสัมผัสของมนุษย์ โดยทั่วไปแล้ว การล้างมือด้วยสบู่อย่างง่ายๆ แต่ทั่วถึงในระหว่างการเพาะปลูก การแปรรูป และการหยิบจับจะช่วยควบคุมเชื้อแบคทีเรียอันตรายเหล่านี้ได้
เชื้อแบคทีเรียก่อโรคชนิดที่ไม่ต้องการออกซิเจนจะพบอยู่บนกัญชาค่อนข้างน้อยเนื่องจากต้นพืชจะไม่ค่อยได้สัมผัสกับสภาพแวดล้อมที่มีออกซิเจนต่ำที่แบคทีเรียมักจะเจริญเติบโตได้ดี ทว่าก็มีข้อยกเว้น น้ำมันมะกอกที่ผสมเข้ากับต้นอ่อนกัญชาดิบทั้งดอกอาจเกิดสภาพแวดล้อมที่ไม่มีออกซิเจนที่อาจส่งผลให้เกิดพิษโบทูลิซึม ซึ่งเป็นเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นได้ยากมาก
ในฐานะผู้ป่วยหรือผู้ให้การดูแล การไม่ซื้อกัญชาสมุนไพรที่ชื้นเกินไปหรือมีกลิ่นเก่าอย่างชัดเจนเป็นสิ่งสำคัญ การติดเชื้อ Aspergillus ในกัญชาสมุนไพรสามารถก่อให้เกิดโรคแอสเปอร์จิลโลซิสอย่างรุนแรงหรือเป็นอันตรายถึงชีวิต ในผู้ป่วยที่มีภาวะภูมิคุ้มกันบกพร่องได้
ภาพตัวอย่างเชื้อราที่อยู่บนกัญชาและในกัญชา.